En mayo de 2013 la Autoridad Portuaria de Sevilla firmó un convenio de colaboración y cooperación con la Universidad hispalense y el Acuario. En él, se sentaban las bases para la puesta en marcha de actividades científicas y docentes vinculadas al estuario del Guadalquivir y a las zonas marinas aledañas, con la finalidad de impulsar el conocimiento sobre el entorno natural y promover soluciones innovadoras que permitan la gestión del estuario en un marco de sostenibilidad ambiental.
En el marco de dicho acuerdo se han propiciado subproyectos de investigación con las Universidades de Málaga, Huelva, Cádiz y con el Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Estos estudios surgen de la necesidad de gestionar la Eurovía del Guadalquivir de forma sostenible, de promover la actividad portuaria con las máximas garantías ambientales y del firme compromiso del Puerto de Sevilla por generar conocimiento ambiental que contribuya en el futuro a una mejor gestión integral del estuario del Guadalquivir.
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